国立政治大学东亚研究所成立于1970年，系蒋介石总统直接指示下开办，过去是台湾培养“匪情研究”的单位，在1990年代转变为区域研究的学术单位，但仍以中国大陆问题为主要研究对象。该所创办人是台湾大学政治系教授吴玉山的父亲吴俊才。吴俊才先生历任国民党党政要职，包括国民党中纪委第一书记，党营媒体中国电视公司董事长等，正足显示当时当时政大东亚所以及国际关系研究中心的国民党智库之定位。
东亚研究所因为研究范围非常之广泛，毕业生除从事教职，贸易以外，在政治界、传媒也有一些影响力。台湾负责两岸关系的政治人物，如曾经担任行政院陆委会副主委的吴安家，中国时报大陆新闻中心主任俞雨霖，民主进步党中国事务部主任董立文，由于戒严时期东亚所独享中国研究之特权，因此很多其他学校新设的大陆研究所，例如淡江大学大陆研究所、文化大学大陆研究所的学者，颇多出自政大东亚所。
东亚所原本设定从事日本，韩国，以及中国等东亚国家从事区域研究，但目前则似乎主要关心范围在中国研究这一领域，因此政治大学东亚所除与中国各大知名大学保持长期学术合作关系，与日本韩国的学术交流关系仍有待加强。
东亚所在致力于中国研究之目的下，每年定期与中国人民大学国际关系学院，外交学院，北京大学国际关系学院，北京中国现代国际关系研究院，中国社会科学院世界经济与政治所等举办学术会议等活动。
政大东亚所毕业生目前较为知名的中、老生代人物有吴安家，赵春山，杨开煌，赵建民，张荣恭，张五岳，李英明，李明，黄德北，卜大中等。新生代则有董立文，何思慎，王信贤，许志嘉，张登及，张弘远，柳金财，包淳亮等。
现在政大东亚所的专任教师包括魏艾、关向光、邱坤玄、耿曙、李英明等学者。兼任授课者另包括台北中央研究院政治所所长吴玉山，前中国政治学会(台北)会长何思因，国立中山大学教授姜新立，政治大学社会系教授刘雅灵，中山所教授赵建民等人。