國立政治大學東亞研究所成立於1970年，係蔣介石總統直接指示下開辦，過去是台灣培養「匪情研究」的單位，在1990年代轉變為區域研究的學術單位，但仍以中國大陸問題為主要研究對象。該所創辦人是台灣大學政治系教授吳玉山的父親吳俊才。吳俊才先生歷任國民黨黨政要職，包括國民黨中紀委第一書記，黨營媒體中國電視公司董事長等，正足顯示當時當時政大東亞所以及國際關係研究中心的國民黨智庫之定位。
東亞研究所因為研究範圍非常之廣泛，畢業生除從事教職，貿易以外，在政治界、傳媒也有一些影響力。台灣負責兩岸關係的政治人物，如曾經擔任行政院陸委會副主委的吳安家，中國時報大陸新聞中心主任俞雨霖，民主進步黨中國事務部主任董立文，由於戒嚴時期東亞所獨享中國研究之特權，因此很多其他學校新設的大陸研究所，例如淡江大學大陸研究所、文化大學大陸研究所的學者，頗多出自政大東亞所。
東亞所原本設定從事日本，韓國，以及中國等東亞國家從事區域研究，但目前則似乎主要關心範圍在中國研究這一領域，因此政治大學東亞所除與中國各大知名大學保持長期學術合作關係，與日本韓國的學術交流關係仍有待加強。
東亞所在致力於中國研究之目的下，每年定期與中國人民大學國際關係學院，外交學院，北京大學國際關系學院，北京中國現代國際關係研究院，中國社會科學院世界經濟與政治所等舉辦學術會議等活動。
政大東亞所畢業生目前較為知名的中、老生代人物有吳安家，趙春山，楊開煌，趙建民，張榮恭，張五嶽，李英明，李明，黃德北，卜大中等。新生代則有董立文，何思慎，王信賢，許志嘉，張登及，張弘遠，柳金財，包淳亮等。
現在政大東亞所的專任教師包括魏艾、關向光、邱坤玄、耿曙、李英明等學者。兼任授課者另包括台北中央研究院政治所所長吳玉山，前中國政治學會(台北)會長何思因，國立中山大學教授姜新立，政治大學社會系教授劉雅靈，中山所教授趙建民等人。