东海大学畜产与生物科技学系原名为畜牧学系，后改名畜产品科学系。生物科技兴起后，再改名为现在之畜产与生物科技学系。设有大学部、研究所硕士班、研究所博士班。
东海大学的乳品加工厂是台湾惟一能对外出售产品的实习工厂。起因于民国七十年代，台中地区有乳品加工厂倒闭，酪农生产之生乳无处可卖，因此教育部发函要求东海大学乳品加工厂承接该地区酪农户生产之生乳。东海大学则要求若承接生乳，则必需获准得以对外贩售鲜乳，否则仅对师生贩售，无法消化大量生乳。后经教育部折冲，东海大学乳品加工厂获得营业证明，成为台湾惟一可对外营业之实习工厂。
早期东海大学乳品之品质极获肯定，但发生违法印制标签事件后，销售量大不如前。
畜产学系给予外人最深的印象在于该系拥有占地广阔的牧场，该牧场提供畜产系学生学习及大三实习之机会。校方曾数次意欲动用牧场之土地。为了抗议校方不当开发牧场，该系学生与校方发生多次冲突。如1993年(民国82年)的牧场修路事件即引发当时大二、大三学生强烈抗争。
现今的牧场则已规画为第二校区。