東海大學畜產與生物科技學系原名為畜牧學系，後改名畜產品科學系。生物科技興起後，再改名為現在之畜產與生物科技學系。設有大學部、研究所碩士班、研究所博士班。
東海大學的乳品加工廠是臺灣惟一能對外出售產品的實習工廠。起因於民國七十年代，臺中地區有乳品加工廠倒閉，酪農生產之生乳無處可賣，因此教育部發函要求東海大學乳品加工廠承接該地區酪農戶生產之生乳。東海大學則要求若承接生乳，則必需獲准得以對外販售鮮乳，否則僅對師生販售，無法消化大量生乳。後經教育部折衝，東海大學乳品加工廠獲得營業證明，成為臺灣惟一可對外營業之實習工廠。
早期東海大學乳品之品質極獲肯定，但發生違法印製標籤事件後，銷售量大不如前。
畜產學系給予外人最深的印象在於該系擁有佔地廣闊的牧場，該牧場提供畜產系學生學習及大三實習之機會。校方曾數次意欲動用牧場之土地。為了抗議校方不當開發牧場，該系學生與校方發生多次衝突。如1993年(民國82年)的牧場修路事件即引發當時大二、大三學生強烈抗爭。
現今的牧場則已規畫為第二校區。